programar en yii como sacar de las urls el index.php?r=

1)
en protected/config/main.php habilitar el urlManager

'urlManager'=>array(
        'urlFormat'=>'path',
        'rules'=>array(
            '<controller:\w+>/<id:\d+>'=>'<controller>/view',
            '<controller:\w+>/<action:\w+>/<id:\d+>'=>'<controller>/<action>',
            '<controller:\w+>/<action:\w+>'=>'<controller>/<action>',
        ),
  'showScriptName'=>false,
    ),

2)

 en la raiz de la aplicación el archivo .htaccess debe ser asi

RewriteEngine on

    # if a directory or a file exists, use it directly
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
    RewriteCond $1 !^(index\.php)

    # otherwise forward it to index.php
    RewriteRule ^(.+)$ index.php?$1 [PT,L,QSA]

Programar en Yii 1 Bootstrap

1)
descargar la extension yiistrap desde aqui
http://www.yiiframework.com/extension/yiistrap/

(la version a descargar es yiistrap-1.1.1.zip)

2)
crear la carpeta "bootstrap"
protected/extensions/bootstrap

y copiar ahi el contenido de la carpeta de-zipeada de yiistrap

3)
editar el archivo de configuración protected/config/main.php

<?php
// main configuration
return array(
 ...
    // path aliases
    'aliases' => array(
        ...
        'bootstrap' => realpath(__DIR__ . '/../extensions/bootstrap'), // change this if necessary
    ),
    // import paths
    'import' => array(
        ...
        'bootstrap.helpers.TbHtml',
    ),
    // application modules
    'modules' => array(
        ...
        'gii' => array(
            'generatorPaths' => array('bootstrap.gii'),
        ),
    ),
    // application components
    'components' => array(
        ...
        'bootstrap' => array(
            'class' => 'bootstrap.components.TbApi',   
        ),
    ),
);

4) agregar la siguiente linea en la sección de head de protected/views/layouts/main.php

<?php Yii::app()->bootstrap->register(); ?> 

5) para ver los distintos elementos de bootstrap leer

http://www.getyiistrap.com/site/basics